第一 PHP语言本身漏洞相当多，尤其是很多人不喜欢用最新版本，现在PHP8都发布了，现在竟然还有一大批人用PHP5.2， 越早的版本漏洞越多。 漏洞多自然就好做渗透。
第二 PHP web框架漏洞也非常多。 国内最常用的PHP框架 thinkphp经常爆出各种严重漏洞，比如5.x的远程可执行命令漏洞，导致大量使用此框架的网站中招。 这个漏洞利用之容易，做个程序可以随便感染一大批网站。 有的人利用这个漏洞拿到的肉鸡多到自己都数不过来。
反观Java web， 大多数人都会用sprint 全家桶。 而Spring MVC 和Spring security提供的安全认证，起安全性都是非常强的。
虽然Spring也出一些漏洞，但是我印象中还没有出过非常容易利用，非常简单就能拿到最高权限的傻瓜式漏洞。
第三 网上劣质php源码最多。 很多人是根本不具备独立编程能力的，这些所谓的“程序员”最喜欢干的事是去网上下载各种免费源码，然后改吧改吧就算自己做了网站了。
这种免费源码，以PHP居多。什么的dede CMS，什么xxshop，xxmall，微盟， 这里垃圾PHP源码简直是千疮百孔，漏洞百出。可以说是黑客们的最爱。 用这类垃圾源码最的网站，随便一个中学生捣鼓捣鼓就能入侵， 简直和裸奔没啥区别。
同时，会用这些垃圾代码做网站的程序员，一般水平都不会太高，按理说连编程入门都算不上。这些所谓程序自然根本无法做到防止黑客入侵。
第四 很多人安全意识太差。 不管你用什么语言做网站，大多都要在网站程序外在跑一个Nginx，apache，或者IIS。 即使使用Java， Nginx 做反向代理+静态处理，后面再加tomcat的构架也很多。
凡是，很多人要么是技术不到位，要么是偷懒，不去自己编译tomcat或者apache，而是用网上现成的的一键安装包或者傻瓜安装程序。这些程序可能会默认安装PHP支持。
也就是说，一些安全意识不强或者水平比较差的程序员编写的java web 很有可能也会支持PHP。
很多人在入侵提权的时候，不管你是什么网站，都会先试一下PHP能不能执行，入侵几率比较高。
关于最后一个问题， 如果你找到了Java web的漏洞，可以上传文件了， 下一步要做的就是提权。这个时候你直接上传Java源代码是没有用的。 php是动态执行的，源码可以直接被执行，而Java则需要编译。
拿到上传权限后想提权，就必须先弄清楚对方服务器的jre版本，然后再本地用相应的版本编译后，再把jar包传上去，才能够执行。
这里还有一个不同，一般php提权，只需要拿到网站根目录的上传权限即可。 但是Java web 很有可能网站的根目录，和存放可执行jar包的目录不是一个目录，想要执行Java代码，你就必须想法拿到jar包所在目录的上传权限（同时也要拿到网站根目录权限），这是一个难点。
web渗透包含的东西比较多，php是用来写网站后端用的，这只是在网站的web服务其中一方面。我看你只针对web服务提问，而web服务除了php外，python，java，go以及nginx和apache本身的缺陷导致的漏洞都是提权的利用范围，例如nginx的提权漏洞CVE-2016-1247。
所以并不是web渗透都利用php的源码来做，特别是渗透目标不是用php来开发的时候。
可能网上材料多是用php来做例子，这是因为php作为专门写网站的语言且在这块做得好，有市场，开发容易，同时国内开发的环境不好导致漏洞多，而且php程序默认在响应头暴露自己是php。例如，说到论坛容易想起的是discuz，说到在线商城容易想起的是某某shop，说到微信电商容易想起的是某擎。所谓树大招风，导致sql注入和提权被研究得多。
顺便说下，这和php语言本身没有必然联系。java等语言开发人员搞不好也是会有这些问题的。
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