不论从就业还是学习，杭州电子科技大学的计算机专业的研究生更好。
原因是从学校本身的质量来看，在第四轮学科评估中，合肥工业大学和杭电的计算机都是B+，一个档次，水平一样。
从就业来看，杭电好太多。这是杭电学校主页的介绍。杭电校友很出名，因此现在杭电的录取分数线越来越高。随着计算机技术的发展，这些学科类的学校发展会更好。而且杭电位于杭州，是中国IT的重镇之一，杭电的科研应该更贴近前沿，就业必然比合肥工大要更好。
学校先后为国家和社会培养输送了16万余名优秀人才，众多校友成为阿里巴巴、中电熊猫、长虹、海信、海尔、创维、中芯国际、厦门宏发、北信源、京东方等国内电子企业的领军人物，据统计全国IT百强企业中有近三分之一的掌门人为我校校友。学校被誉为“IT企业家摇篮”和“卓越会计师沃土”。
合肥工大唯一的好处就是211，但在计算机行业应该问题不大，只有国企、事业单位和公务员才看这些985、211，IT企业里杭电名声比合工大要大。
有的时候真的很难选
一个是211，一个是普通高校。
合工大作为211也不是那种不知名的，在业内也是有很大的影响力。在长三角地区也有一席之地。
杭州电子科技大学只是一所普通高校，与看重211大学名头的人来讲，肯定是没有优势的。
从就业来讲，杭州电子科技大学更有优势
计算机在杭州的就业有优势。比较知名的互联网公司如阿里，网易，海康，大华等在杭州，员工动不动就是几万人，对计算机人才的需求很强劲，整体上研究生的薪资会比较高。
从入职人员的薪资来看，研究生刚进去一年大概在18万上下，对一个刚毕业的人来讲，还是很有吸引力的。
合工大毕业生到杭州找工作，优势并没有杭电大多少，从企业来讲，会考虑员工的稳定性，一般而言本地高校毕业生的稳定性会更强。
继续深造合工大会更好
如继续读博士来讲，211肯定优势明显。
刚好工作上接触一众计算机类的公司，我来回答
在杭州，杭州电子科技大学计算机专业，真的很抢手！
先说第一个：马云旗下的恒生电子，杭州的校招是放在杭州电子的，我当时去的时候，真的不亚于一个大型考试，正儿八经的考试安排，光考场就10个左右，还包括那种巨大的阶梯教室。每年录取的人数也是足够的。
再说：网易，阿里，包括周边的小型互联网公司，对杭州电子也是欢迎的。因为杭州除了浙大就没有985，211了呀，一开始这些创业公司可能只能找杭电的呀，那学长带学弟，所以现在杭电进阿里，网易啥的可能比合工大强太多了。
全国，可能合工大名气更大一些，
毕竟合工大也是211，当年也和合工大一起成名过。而且合工大的理工科确实不弱呀，校友力量可能强于杭电呀。要知道，中国还是很讲校友资源的。
从百度搜索来看
知名的合工大校友更学术，
知名的杭电校友更多艺术。
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